A Biblioteca Setorial do Museu Histórico de Santa Catarina é especializada em conteúdos das áreas de História de Santa Catarina, História de Florianópolis, Museologia e outras afins; bem como obras que têm valor de posse e de identidade com o Museu. O acervo possui mais de 609 exemplares, incluindo livros, periódicos, CDs e DVDs.